مبنى المدرسة القديم كان قصرا بناه والى مصر محمد سعيد باشا سنة 1855م ليكون دار نزهته في بعض أيام السنة ، وقد بناه على الطراز الفرنسي ، وجعل فيه حديقة بديعة نمق حواشيها بالأزهار البديعة وأجرى إليه الماء في قنوات تحت الأرض حتى فاق القصور المجاورة ، ولقد زاده جمالا فوق جماله الأرياض التي كانت تحيط به في ذلك العهد ؛ فكان في شرقه حديقة شيكولانى البديعة ، التي كانت تسمى جنة عدن وكانت من أبدع الحدائق في العالم الشرقي.

     في إبريل سنة 1876م أعده الخديوي إسماعيل ليكون مرتعا للإمارة ، ومثابة للحكم ، وفي نفس العام نزل به السلطان عبد العزيز خليفة المسلمين عند زيارته لمصر ، فسر منه ، وأعجب به ، وأخذه جماله ، وحسن شكله ، فأمر أن يؤخذ له رسمه ليبنى له على منواله في ضفاف البوسفور . وبعد ذلك جعله الخديوي إسماعيل دار ضيافة لمن يفد على مصر من كبار الوفود ؛ فنزل به أمير مكة : الشريف عبد الله ، ومن إعجابه بهذا القصر بعد عودته إلي مكة بنى بالطائف ضاحية أسماها شبراتذكارا لزيارته ذلك القصر.

    ولما آل العرش إلى توفيق باشا لبث مدة معدًا للضيافة ، إلى أن تنازل عنه لنظارة المعارف سنة 1881م ، فتقبلت نظارة المعارف هذه الهدية بقبول حسن .

وقد كتب في ظاهر قبة القصر العبارتان : وما توفيقي إلا بالله ، طلب الأدب أولى من طلب الذهب ، فكانتا بشيرًا بما سيكون لهذه الدار من التوفيق في تخريج عدد وافر من أبناء الأمة النابهين .

وفي  سنة 1916أمر السلطان حسين كامل بتسميتها المدرسة التوفيقية تخليداً لذكر أخيه .

أول مدير للمدرسة هو السيد موجيل بك  البريطاني الجنسية ، تولى إدارة المدرسة من سبتمبر 1881الى نوفمبر 1885 ، وكان عدد الطلاب في أول سنة دراسية 29 طالبا  .

تخرج في هذه المدرسة ثلاثة رؤساء وزارات :

       1-عبد الخالق باشا ثروت .        2-عبد الفتاح يحيى .     3-محمد محمود .

ومن أبرز خريجيها : طلعت حرب اقتصادي مصر الأول ، والدكتور نجيب محفوظ رائد علم أمراض النساء والولادة في مصر ، والفريق يوسف صبري أبو طالب وزير الدفاع الأسبق ، والدكتور رفعت المحجوب رئيس مجلس الشعب الأسبق ، والشاعر الطبيب أحمد زكى أبو شادي  مؤسس مدرسة أبوللو الرومانسية ، والشاعر الطبيب إبراهيم ناجى وكيل هذه المدرسة ، والدكتور أحمد زكي رئيس جامعة القاهرة الأسبق ومؤسس مجلة العربي الكويتية ، والمستشار توفيق صبري أبو علم ، والدكتور صبحي عبد الحكيم رئيس مجلس الشورى الأسبق ، والأستاذ أحمد حمروش سكرتير عام منظمة التضامن الأفرو أسيوي ،  والكاتب الصحفي الأستاذ عبد الحميد حمروش ،  والكاتب الصحفي الأستاذ صلاح منتصر، والكاتب الصحفي الأستاذ أحمد بهجت ، واللاعب الدولي القديم طلبة صقر ، والدكتور عبد العزيز الشريف أستاذ ورئيس قسم القلب بكلية الطب جامعة القاهرة ، والفنان عبد الوارث عسر ، والفنان عماد حمدي ، والأستاذ جمال حمدان المؤرخ المعروف  ...